Высшим руководящим органом Молодежного союза является Съезд, созываемый Центральным Советом Молодежного союза Отечества один раз в два года.

В период между Съездами руководство деятельностью Организации осуществляет ее руководящий орган - Центральный Совет, который является выборным коллегиальным органом.

Президиум Центрального Совета осуществляет свою деятельность в период между пленумами Центрального Совета

Молодежного союза Отечества

Секретариат Центрального Совета является постоянно действующим руководящим коллегиальным органом Молодежного союза в период между заседаниями Президиума Центрального Совета.

 Контрольно-ревизионная комиссия Молодежного союза Отечества является контрольно-ревизионным органом Союза, подотчетна Съезду и действует на основании Положения о контрольно-ревизионных органах

Подробнее с функциями руководящих органов можно познакомиться в Уставе МСО